水上警察學系系徽的設計理念如下：
「警鴿」代表和平，意指維護海上和平之秩序。
「金黃色纜繩」代表團結合作、同舟一心。
「湛藍的天與蔚藍的海」，代表藍色國土。
「船錨」代表國家海權的行使。
全意：水警系團結合作、同舟一心，為守護國家海權與維護海洋秩序而努力奮鬥。